对于linux下目录的一些困惑 ，希望高手解答

最近因为科研需要，在电脑上面安装了ubuntu12.04，然后千辛万苦安装上了开源cfd软件OpenFoam ,在学习软件过程中，有一些疑问，希望高手解答：
1.需要切换到一个目录，比如：cd $FOAM_RUN/tutorials/incompressible/icoFoam. 我知道$表示普通用户，但是$FOAM_RUN表示什么了？ 可以知道他实际的路径是 /openfoam/aysiyi/openfoam2.1.1/run/tutorials/incompressible/icoFoam. 在帮助文档里面还有好多这种简写，有什么规则吗？

2。在使用openfoam进行计算时，实在当前文件夹打开终端，输入文件夹的名字，然后程序自动运行，这跟Windows区别很大，一直高不大清楚，请问这是为什么，假如我要明白这些，需要不那些只是呢？ 我是学流体的。

3。由于需要自己在openfoam里面写求解器，需要自己添加一些类，然后编译，能不能简单的叙述一下编译的知识？

还有一些问题，我整理后在请教各位。