终于搞定了这个问题，很开行，总结了一下：
1、把第三方包的class文件改造为一个bundle，export所有的package
2、使用了eclipse的equinox实现启动所有bundle
3、在eclipse环境下启动都正常，但是放在命令行（windows/linux都一样）启动，都失败，即出现：
Exception in thread 'Thread-1' java.lang.NoClassDefFoundError: javax/naming/NamingException
at java.lang.Class.forName0(Native Method)
at java.lang.Class.forName(Class.java:169)
at com.ibatis.sqlmap.engine.builder.xml.SqlMapConfigParser.class$(SqlMapConfigParser.java
4、经过比较两者的运行环境，发现关键差别在于java.syspath和osgi launcher不同，但是也无法改变。
5、经过javaeye和osgi china groups的搜索，发现了一个国外的帖子（共享一下）：
Option 1: "DynamicImport-Package: *" to the manifest of your bundle. This is one possible pure OSGi solution and should do what you want.
Option 2: If you are using Equinox as OSGi implementation you could also take a look at the Buddy-Loading mechanism:
http://help.eclipse.org/help33/topic/org.eclipse.platform.doc.isv/reference/misc/buddy_loading.html
6、解决方法总结：在第三方包的class加载其他的类，而这些类又不在当前的bundle，可能出现这个异常，只要在Manifest.mf文件加入DynamicImport-Package: *，或者使用eclipse的buddy loading机制（还没有试验）可以解决问题。
总之，osgi的好处很多，但是缺点（不方便的地方）也很明显，就是classpath(classloader）机制，正因为如此，我才放弃了spring。但是spring+osgi是大势所趋，两者的DI很相似，OSGI的DS用起来非常像spring的配置文件。等有空研究一下两者的结合。
