一、Open Babel简介
Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式,非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。
Open Babel由CC++编写,并提供C ++,Perl,Python等的API接口方便开发。
二、Open Babel 2.4.1的编译安装并绑定Python
第一步:下载openbabel 2.4.1安装包
下载地址:https://github.com/openbabel/openbabel/releases
第二步:安装boost库
yum install boost
yum install boost-devel
yum install boost-doc
第三步:安装gcc、g++、mke\cmkae
yum install gcc
yum install gcc-c++
yum install make
yum install cmake
第四步:安装依赖的开发库
yum install zlib-devel
yum install libxml2-devel
yum install cairo-devel
Eigen库安装,直接下载Eigen2和Eigen3版版本解压至usr/local/include
http://eigen.tuxfamily.org/index.PHP?title=Main_Page
第五步:支持Python(Python2.7)绑定,安装python开发库
yum install python-devel
第六步:编译安装
tar zxvf openbabel-2.4.1.tar.gz
mkdir build
cd build
cmake ../openbabel-2.4.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON #编译安装Python绑定
make
make test
make install
第七步:配置环境变量
gedit ~/.bashrc
#open babel
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH #Python路径添加
source ~/.bashrc
最后一步:
检查Open Babel 2.4.1和Python绑定是否安装成功
检查Open Babel 2.4.1
Python绑定是否成功