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Ubuntu14.04 LTS安装Doris、StaMPS、ROI_PAC

发布时间:2017-04-18 11:42:27来源:linux网站作者:IvanLJF
1、软件下载网址:
1)Doris下载网址:http://doris.tudelft.nl/
2)Doris软件最新的信息总可以在这个网址上查到:http://enterprise.tudelft.nl/doris/
3)StaMPS官方网址:http://homepages.see.leeds.ac.uk/~earahoo/stamps/
4)SNAPHU:(Statistical-Cost, Network-Flow Algorithm for Phase Unwrapping):http://web.stanford.edu/group/radar/softwareandlinks/sw/snaphu/
FFTW:http://www.fftw.org/
Triangle:http://www.cs.cmu.edu/~quake/triangle.html
Showme:http://www.cs.cmu.edu/~quake/showme.html
 
2、需要的软件包
[Matlab矩阵实验室]:Mathworks.Matlab.R2010a.UNIX.ISO-TBE
fftw-3.3.3 快速傅里叶变换
doris_v4.06 InSAR
getorb_2.3.2 获取精轨(ERS、ENVISAR)
snaphu-v1.4.2 相位解缠
ROI_PAC_3_0_1 InSAR,可以(成像)处理裸数据
StaMPS_v3.3b1 PS-InSAR
Triangle 构建三角网
terrasar插件
 
2.1、常用软件工具
1)、安装新立得:
$sudo apt-get install synaptic
2)、安装gawk gcc g++ make tcsh csh gmt
$sudo apt-get install gawk gcc g++ make tcsh csh gmt
3)、 安装terrasar-x影像包:
$ sudo apt-get install gdal-bin libxslt1.1 python-lxml python libxml2
4)、安装Cosmo-SkyMed影像包:
$sudo apt-get install python-h5py
注:新立得下载的安装包文件存放在:/var/cache/apt/archives/ 目录下
 
3、安装路径安排
1)doris_v4.06beta2、StaMPS_v3.3b1、Vi_StaMPS目录并列位于StaMPS下,即/home/lu/StaMPS/
2).bashrc位于主路径下(属于隐藏文件,ctrl+H),即/home/lu/
3)doris_v)406beta2下:fftw3.3.3、getorb、snaphu-v1.4.2
4)StaMPS_v3.3b1下:triangle、 ROI_PAC_3_0_1
5) /home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI__PAC/下:自己手动新建一个NetDist文件夹,NetDist文件夹下放fftw3.3.3的压缩包
6) SAR_FILES文件夹(包含INS、ODR、VOR三个文件夹)存放精轨数据,放在ROI_PAC_3_0_1/POI_PAC文件夹下
 
4、联网操作
普通用户获得root权限:sudo passwd root
注意:联网设置前需要设置root密码
联网安装设置:
(操作:编辑链接——>选中以太网Wired connection 1à编辑à设置IPV4再在终端输入a,b,c对应的指令即可。)
(1)编辑网络连接:手动设置IP、NETMASK、网关和DNS(IPV4如:192.168.200.124;255.255.255.0;        192.168.200.1;202.106.0.20)
(2)终端:
a. sudo /sbin/ifconfig eth0 down   //断开
b. sudo /sbin/ifconfig em1 hw ether MAC地址(如:0007E9F1B25C)
c. sudo /sbin/ifconfig em1 up //连接
每次重启完电脑后都要重新输入a,b,c对应的命令,才能连上 
 
5、安装doris4.06beta2
将解压的 fftw-3.3.3 、 getorb、snaphu-v1.4.2放到doris4.06beta2目录下,等待安装。
1)编译、安装fftw-3.3.3库
$ cd fftw-3.3.3/
$ ./configure --prefix=`pwd` --enable-float
注:如果出现"./configure  Permission Denied", 输入命令sudo chmod +x configure给configure赋权限。再执行./configure --prefix=`pwd` --enable-float然后回车
若按装过程出错的话,需要将安装包删除,全部重新安装。注意,--prefix=`pwd`中的斜撇是键盘上数字1边上的斜撇。【这一步configure选项可以进一步优化。我们现在的机器都支持sse,cpu都是多核心的,可以加  上--enable-sse 和 --with-combined-threads选项,也就是下面的命令:$./configure --prefix=`pwd` --enable-float --enable-sse --with-combined-threads
//特别的,如果是32位linux系统,用的是amd的cpu,可以加上 --enable-k7】
$ make
$ make install
编译安装,注意--prefix=`pwd`选项保证了fftw库直接安装在pwd,也就是当前的 fftw-3.3.3目录,doris编译时会直接找到自己目录下的fftw。
2)编译安装doris
$ cd src
//进入到doris下面的src目录
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
//最后一步安装doris到/usr/local/bin需要root权限
3)安装SARtools和ENVISAT_TOOLS
A.安装SARtools
$cd doris_v4.04beta4/SARtools
$make
$sudo make install
$sudo apt-get install  libc6-dev-i386
$make
$sudo make install
B.安装ENVISAT_TOOLS
$ cd doris_v4.02/ENVISAT_TOOLS 
$ make
$sudo make install
4)安装getorb,snaphu,GMT
Getorb(getorb_2.3.2.tar.gz)用于获取精轨,snaphu(snaphu-v1.4.2.tar.gz)用于相位解缠
snaphu与getorb软件都放到doris目录下
A.先安装fortran包
$ sudo apt-get install gfortran
注意:修改getorb安装文件目录下Makefile文件,第34行和38行,去掉行首的注释符号“#”
FC =fc
FC =gfortran
B.再安装getorb
进入getorb目录
$ make
$sudo make install
可使用getorb检查安装是否成功
注意:拷入精轨文件的时候必须注意大小写,即轨道文件必须大写的,doris才能正确读入精轨
C.安装snaphu软件
首先到“/usr/local”文件夹下建个 man文件夹,在man文件夹下建立man1文件夹,再进入  snaphu/src下make、make install,最后make install如果提示还有一个错误,不用管
$ sudo mkdir /usr/local/man/man1  //若是fedora要分步创建
进入snaphu/src目录,make 和 sudo make install。
D.赋执行权限
以上软件的执行文件都安装在 /usr/local/bin下面,到该目录里面去检查一下,发现有几个文件没有执行权限,增加执行权限即可。
$ cd /usr/local/bin
$ sudo chmod 755 *.*
$ sudo chmod 755 *
在终端运行run -g时提示添加PAGER,EDITOR到环境变量。编辑/home/lu.bashrc文件(为隐藏文件,Ubuntu下Ctrl+H显示),在最后加入下面两行代码:
export PAGER=less
export EDITOR=vi
 
6、安装matlab2010a
1) 挂载光盘镜像
$ sudo mount -o loop /home/aaa.iso /media
其中/home/aaa.iso为你的matlab安装文件所在位置(.iOS文件的路径不能有空格,可以将iso放在主文件夹下),/media为你要把光盘镜像文件挂载到的
2)安装matlab
$ cd /media(挂载的位置)
$ sudo ./install 
注意:选择是否在线安装时,选否,即 install manually without using the internet
建立文件夹 sudo mkdir /usr/local/matlab,给权限sudo chmod777 路径
输入key,输入 36096-53477-64319-46930-25628-45918-00806
安装完成破解需要 license file ,选择镜像文件crack中的 license_standalone.dat
在终端运行Matlab时,提示没有注册,则需要以管理员的身份注册。
注册Matlab:sudo nautilus以管理员的身份打开文件管理器,找到Matab安装目录,文件系统下:/usr/local/MATLAB/R2012b/bin找到matlab,运行,提示注册,按上面的方法注册即可。(若运行matlab时,只能以文件的形式打开,不能执行matlab,则为matlab添加快捷方式,sudo nautilus打开文件管理器,找到桌面上的快捷方式,双击,再注册即可)
Matlab 中文乱码 解决方法:
1]、Matlab2010的JRE目录为:/Matlab安装目录/sys/java/jre/glnx86/jre* 请根据自己的安装目录和版本确定JRE的目录;
2]、$ cd /Matlab安装目录/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/fonts/;
3]、建立目录: $sudo mkdir fallback (文件夹必须命名为fallback,原因未知);也可手动建立:sudo nautilus以管理员身份打开文件管理器,在fonts文件夹下建立fallback文件夹。
4]、把字体复制fallback目录,选择其中之一就可以:
(1) Windows 的simsun字体
$ cp /media/Windows/WINDOWS/Fonts/simsun.ttc fallback/ 
(2) 也可手动将simsun复制到fallback目录下。需要以管理员的权限打开文件管理器,将simsun复制进去,执行命令为:sudo nautilus(以管理员身份打开文件管理器)
5]、进入到 fallback目录,执行sudo mkfontscale 命令;
$ cd fallback
$ sudo mkfontscale
(若不成功,需要以root的身份执行mkfontscale)执行成功会在fallback文件夹下生成font.scale文件。
6]、回到上一级菜单:
$ cd ..
7]、将上一步生成的文件添加到 lib/fonts/fonts.dir文件中,可用以下命令完成,当然也可以用编辑器复制粘贴:
$ sudo cat fallback/fonts.scale >> fonts.dir 
若提示权限不够,则执行sudo chmod a+w fonts.dir,让fonts.dir有可写的权限;再执行sudo cat fallback/fonts.scale >> fonts.dir,将font.scale的内容写到font.dir;
8]、若此时打开matlab仍不能识别中文,则执行sudo chmod a+r fallback/*
9]、至此Matlab的Java环境中文支持安装完了,接下来配置Matlab;
10]、进入Matlab,应该直接能显示出来;没有的话选择 菜单 File>>Preferences>>Fonts 选择SimSun/wqy字体就行了
(注意这时是选择第二项desktop text font,意识是修改文件夹选项的字体,勾掉对号,选择最下面三个方块选项字体中任意一个,这3个就是我们刚添加的);选择字体的选择框依然为方块  但是系统中可以显示中文.
 
7、安装stamps 、triangle
$ cd StaMPS_v3.2.1/src
$ make
$ sudo make install
$ cd triangle
$ make
$ sudo make install
若装不上就下载安装
$ sudo apt-get install triangle-bin
 
8、ROI_PAC安装
1)预处理
A.解压缩
$tar xvf ROI_PAC_3_0_1.tgz
B.进入目录ROI_PAC_3_0_1
$cd /home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1
这个目录下面有一个AAREADME文件,主要是介绍一些文档,稍微看一下就好。
C.进入目录/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC
$cd ROI_PAC
下面安装过程参考该目录下的AAREADME_BUILD_ROIPAC文件,值得仔细研究一下。
D.检查编译器
$ which ifort g95 f90 pgf95 f95 xlf gfortran cc gcc icc
2)准备安装
A.安装文件标签更新
(查看当前系统时间是否正确,在新安装的Ubuntu系统上,一般时间都不对,连上网后,设置为上海时间)
$ touch aclocal.m4 Makefile.in configure
也就是说把这几个文件的时间标签更改为当前时间
B.安装fftw-3.3.3
Ubuntu14.04 LTS安装Doris、StaMPS、ROI_PAC
把自己下载的压缩包fftw-3.3.3文件放入新建文件夹NetDist(NetDist为自己手动建立)下(/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ ROI_PAC/NetDist,并打开ROI_PAC/contrib文件夹下的install-fftw.sh,将文件中的ver=3.3.3改为对应的fftw的版本号。),再执行命令
./contrib/install-fftw.sh CC=cc
若提示没有权限,则赋给该文件权限
sudo chmod +x ./contrib/install-fftw.sh
再执行
./contrib/install-fftw.sh CC=cc)
install-fftw.sh脚本用来下载并安装fftw,我们手工将fftw-3.3.3文件压缩包放在了ROI_PAC/NetDist路径下,则install-fftw.sh会跳过下载直接解压,安装。解压后的文件在NetSrc,同时会生成NetInst、NetBuild。
C.fftw环境变量
安装完fftw,它会提示你设置环境变量,将终端中的上述输出内容拷下来执行即可,格式如上(安装位置会稍有差别)。这两个目录中应该分别有libfftw3f.a和fftw3.f这两个文件(可以检查查看)。
$ export FFTW_LIB_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/NetInst/fftw-170417-1646/lib
$export FFTW_INC_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/NetInst/fftw-170417-1646/include
3)正式安装
A.安装
$ ./contrib/multibuild.sh
(注:首先确定ROI_PAC目录下的configure文件具有可执行权限,否则会提示Could not find executable configure错误)这一步会在ROI_PAC目录下得到一个类似于multibuild-xxxx(后面的x表示数字 multibuild-{YYMMDD-HHMM})的目录,这就是安装位置了。
Ubuntu14.04 LTS安装Doris、StaMPS、ROI_PAC
B.测试略
C.可执行程序的安装
其实现在已经安装好了,只不过重新整理一下而已。
$ mkdir INT_BIN
$ cp multibuild*/installs/defaults/bin INT_BIN
即将安装目录下所有的可执行程序拷到ROI_PAC目录下的INT_BIN目录中(手工复制的)
 
9、环境变量的设置
将下面的内容拷贝到主文件夹下的bashrc下(该文件为隐藏,ctrl+H,取消隐藏),记得改为自己的路径,fftw改为对应的版本号
A.ROI_PAC环境变量的设置参考ROI_PAC/DOC/SAR_CONFIG
export PAGER=less
export EDITOR=vi
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/opengl:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
#  FFTW # 
#ROI_PAC路径下有一个不同的fftw,不知道怎么弄?
export FFTW_LIB_DIR=/home/lu/StaMPS/doris_v406beta2/fftw-3.3.3/lib
export FFTW_INC_DIR=/home/lu/StaMPS/doris_v406beta2/fftw-3.3.3/include
export FFTW_LIB="/usr/local/lib"
# Matlab #
export MATLAB_path="/usr/local/MATLAB/R2012b"
export PATH=${PATH}:$MATLAB_path/bin
export NETCDF_HOME=/usr/local/
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
#ROI_PAC
export INT_BIN=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/INT_BIN
export INT_SCR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/INT_SCR
# StaMPS #
export STAMPS="/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1"
export ROI_PAC=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC
#export GETORB_BIN="/home/lu/StamPS/doris_v4.06beta2/getorb/bin"
export GETORB_BIN="/usr/local/bin"
# SAR_ODR_DIR、SAR_INS_DIR、SAR_VOR_DIR轨道目录,参考ROI_PAC/SAR_CONFIG文件,只需要添加环境变量,无需添加到PATH路径下
export SAR_ODR_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/ODR
export SAR_VOR_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/VOR
export SAR_INS_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/INS
#PRC_DIR无该文件
export PRC_DIR="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/SAR_FILES/PRC"
export DORIS_BIN="/home/lu/StaMPS/doris_v406beta2/bin"
export MY_BIN="$INT_BIN"
export MATLABPATH=$STAMPS/matlab:`echo $MATLABPATH`
export DORIS_SCR="$STAMPS/DORIS_SCR"
export LC_NUMERIC="en_US.UTF-8"
export LC_TIME="en_US.UTF-8"
export MATLAB="/usr/local/MATLAB/R2012b"
#  GMT #
export GMT_INC_DIR="/usr/include"
export GMT_LIB_DIR="/usr/lib"
export GMT_BIN="/usr/lib/gmt/bin"
#  HDF5  #
export HDF5_DIR=/usr/local/hdf5
# GMT5SAR #
export GMT5SAR=/home/lu/GMT5SAR/GMT5SAR
# repeat
#export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_111  
#export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre  
#export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/LIB:${JRE_HOME}/lib  
# #java for IntelliJ idea
export JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk1.8.0_121
export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre 
export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib 
export MAVEN_HOME=/usr/local/maven/apache-maven-3.3.9
#MDX
export MDX=/home/lu/isce_app/isce/bin
export PATH=${PATH}:$GMT_INC_DIR:$GMT_LIB_DIR:$GMT_BIN:$INT_BIN:$INT_SCR:$MDX:$GETORB_BIN:
$STAMPS/bin:$DORIS_BIN:$TRIANGLE_BIN:$DORIS_SCR:$GDAL:${JAVA_HOME}/bin:$HDF5_DIR:
${MAVEN_HOME}/bin:$GMT5SAR/bin
 
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