MRtrix3简介及安装包下载：http://www.mrtrix.org/
1、安装MRtrix3前的依赖包需求
C++11 编译器 (GCC version >= 4.8, clang)（https://en.wikipedia.org/wiki/C%2B%2B11）
Python version >= 2.7（https://www.python.org/）
zlib 压缩包（http://www.zlib.net/）
Eigen version 3.2 (不要安装测试版)（http://eigen.tuxfamily.org/）
Qt version >= 4.7 [只需要GUI部分]，该部分是为了使用MRtrix3的GUI部分：mrview & shview（http://www.qt.io/）
2、安装以上依赖包
sudo apt-get install git g++ python python-numpy libeigen3-dev zlib1g-dev libqt4-opengl-dev libgl1-mesa-dev
3、安装MRtrix3
1）克隆MRtrix3的资源库
git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git 或 git clone git@github.com:MRtrix3/mrtrix3.git
2）安装MRtrix3
cd mrtrix3
./configure
3）创建二进制文件
./build
4、配置MRtrix3
1）添加环境变量
MRtrix3提供便捷的脚本直接设置PATH环境变量，在MRtrix3的顶层路径下：
./set_path
2）重开一个终端，确保启动文件可读，命令行：bash
3）检查是否正常工作，命令行：mrview
5、保持MRtrix3更新
1）在MRtrix3的顶层文件夹下，命令行
git pull
./build
2）如果不工作，重新执行配置文件，命令行
./configure
另，如果想在Linux上独立安装MRtrix3，可参考MRtrix3官网手册：http://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/installation/linux_install.html