最近，尝试用ubuntu编译NAMD，由于以前对NAMD完全未接触过，也不懂该专业的相关知识，因此作为一个外行人尝试编译NAMD，这里记录一下粗略过程：
1.首先，需要搭建MPI并行环境：http://www.linuxdiyf.com/linux/26036.html
2.从官网下载source code，http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD，建议下载稳定版本的source code，而不是Nightly Build版本（日日更新版本）。
3.根据官方的教程，选择mpi版本的编译教程手册，http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.12b1/notes.html#compiling，从Compiling NAMD处开始跟着做，注意选择MPI版本的编译教程。
4.编译好之后，运行程序便是：NAMD_2.12b1_Source/Linux-x86_64-g++/namd2，运行时同其它的MPI程序一样，使用命令：mpiexec -n 8 -f nodelist namd2 con.conf，其中,nodelist是包含各个主机地址CPU信息的文件，con.conf是NAMD输入需要的配置文件。总之，就是同其它的MPI程序一样运行 NAMD_2.12b1_Source/Linux-x86_64-g++文件夹中的namd2即可。
5.VMD下载，此处不是自己编译VMD，而是安装已经编译好的VMD（自己编译时失败），编译好的VMD下载地址：http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD，下载LINUX_64 OpenGL, CUDA版本的即可（64位机器），或者LINUX OpenGL, CUDA （32位机器）
6.安装VMD：进入vmd-1.9.2，运行：./configure LINUXAMD64（64位）或./configure LINUX（32位），直接运行./configure会提示的，然后进入src目录，运行：make install，安装完成后，运行：vmd测试。
至此，NAMD和VMD的安装过程完毕。