web服务器运行的用户与目录所有者用户必须不一样，比如nginx运行的用户为www-data，那么网站目录设置的所有者就应该不能设置为www-data，而是设置不同于www-data的用户，如server。我们这里假设web服务器以www-data用户运行，网站分配的用户为server，dedecms网站根目录为/home/server/www/hscms。
一、首先设置网站目录所有者为server，用户组为www-data，目录设置为750，文件为640。
cd /home/server/www
chown -R server:www-data hscms
find web -type d -exec chmod 750 {} \;
find web -not -type d -exec chmod 640 {} \;
二、data、templets、uploads、a images目录， 设置可读写，不可执行的权限；
1、设置可读写权限：
cd /home/server/www/hscms/
chmod -R 770 data templets uploads a images
2、设置不可执行权限：
nginx的设置如下：
vi /etc/nginx/sites-available/default
添加以下内容：
location ~* ^/(data|templets|uploads|a|images)/.*\.(php|php5)$
{
deny all;
}
apache的设置，在apache配置文件中加入如下代码（以data目录为例，其它设置基本相同）。
<Directory /home/centos/web/data>
php_flag engine of
</Directory>
<Directory ~ "^/home/centos/web/data">
<Files ~ ".php">
Order allow,deny
Deny from all
</Files>
</Directory>
3、不需要专题的，建议删除 special 目录， 需要可以在生成HTML后，删除 special/index.php 然后把这目录设置为可读写，不可执行的权限，上面介绍了如何设置可读写和不可执行的权限，这里就不重复了。
4、其它需注意问题
1]虽然对 install 目录已经进行了严格处理， 但为了安全起见，我们依然建议把它删除；
2]不要对网站直接使用MySQL root用户的权限，给每个网站设置独立的MySQL用户帐号，许可权限为：
SELECT, INSERT , UPDATE, DELETE,CREATE , DROP , INDEX, ALTER , CREATE TEMPORARY TABLES
由于DEDE并没有任何地方使用存储过程，因此务必禁用 FILE、EXECUTE 等执行存储过程或文件操作的权限。
假设我们建立的数据库名为hscms，数据库用户为mysqluser，密码为123456，具体设置命令如下：
mysql -uroot -p
mysql>CREATE DATABASE hscms DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;
mysql>set names utf8;
mysql>source /home/server/www/hscms.sql;
mysql>CREATE USER 'mysqluser'@'localhost' IDENTIFIED BY '123456';
mysql>GRANT SELECT,INSERT,UPDATE,DELETE,CREATE,DROP,INDEX,ALTER,CREATE TEMPORARY TABLES ON hscms.* TOmysqluser@localhost;
mysql>FLUSH PRIVILEGES;
mysql>exit
3]更改默认管理目录dede，改到不易被猜到就好。