其实本质上来说AutoDock（http://autodock.scripps.edu/downloads）是不需要安装的，直接解压就可以使用，不过为了方便使用我们还是将其设置成直接调用的形式。
1、解压安装包
tar -xvf autodocksuite-4.2.6-x86_64Linux2.tar
x86_64Linux2/autodock4
x86_64Linux2/autogrid4
cd x86_64Linux2/
ls
autodock4 autogrid4
查看两个文件是否为可执行文件，一般情况下使用ls显示为绿色的表示有可执行权限。也可以通过以下方式查看：
ls -al
total 736
drwxrwxr-x. 2 shims shims 4096 Jul 27 15:53 .
drwxrwxr-x. 13 shims shims 4096 Jul 27 17:13 ..
-rwxrwxr-x. 1 shims shims 502399 Jul 27 15:53 autodock4
-rwxrwxr-x. 1 shims shims 238411 Jul 27 15:53 autogrid4
其中前面一串字符中有x表示有可执行权限，一次表示用户，用户组，其它用户。r表示可读；w表示可写；x表示可执行。如这里的文件autodock4的权限为rwxrwxr-x ，意识是该用户shims拥有可读可写可执行权限，与该用户同组shims的用户也拥有可读可写可执行权限，而其它用户拥有可读可执行权限，没有可写权限，既不能对该文件进行更改。如果解压之后的文件没有可执行权限的话使用
chmod x autoduck4
chmod x autogrid4
或者
chmod x auto*
使用以上两种方式都可以对所有用户给autodock4 和autogrid4 加上可执行权限。
2、设置环境变量
vi ~/.bashrc
#autodock4.2.6
export PATH=/home/shims/install/autodock4.2.6:$PATH
将可执行文件查询路径加入到环境变量中，通常情况下我们只在自己用户下面安装使用，环境变量的设置只需要在自己用户的家目录下面的.bashrc文件里面添加环境变量即可。如auto这样的程序如果需要全局用户都可以直接使用，如其它用户也可以直接调用该程序，则可以将autodock4 和autogrid4 两个文件复制到/usr/local/bin下面去，命令如下：
cp autodock4 /usr/local/bin
cp autodockgrid4 /usr/local/bin
或者
cp auto* /usr/local
通过以上的方式将可执行文件加入到全局的默认的可执行文件目录中就可以让所有用户都能使用了，当然前提是该文件设置了所有用户都可以访问和可执行的权限。
3、更新环境变量
source ~/.bashrc
当我们更改了环境变量之后需要将该环境变量更新，通常情况下通过以上的方式就可以完成环境变量更新了，如果通过以上方式不成功，可以尝试通过推出当前账号重新登陆，重新登陆之后一般都能解决该问题。不过需要注意的是，一定要仔细核对文件夹路径。
4、测试
which autodock4
~/install/autodock4.2.6/autodock4
which autogrid4
~/install/autodock4.2.6/autogrid4
通过以上方式就可以看到已经成功的找到了dock的这两个可执行文件。到了这里基本的安装以及完成。不过我们需要注意的是相关的库文件是否完整，如果缺失了部分库文件直接使用CentOS 系统的软件库安装即可。
下面就是查看库文件完整性的方式之一：
ldd autodock4
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff8f17000)
libstdc .so.6 => /usr/lib64/libstdc .so.6 (0x0000003210200000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003209a00000)
libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x000000320fe00000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003209200000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003208a00000)
ldd autogrid4
linux-vdso.so.1 => (0x00007fff7c9de000)
libstdc .so.6 => /usr/lib64/libstdc .so.6 (0x0000003210200000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003209a00000)
libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x000000320fe00000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003209200000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003208a00000)
通过ldd命令在可执行文件路径下对可执行文件或者已经加入环境变量了的可执行文件查看即可。这里可以看到需要的库文件是完整的。如果缺失了部分库文件请通过以下方式安装：
yum search name
yum install find_name
其中name是缺失的库文件名称，find_name是通过search查找到的相应的软件包名称，也可以使用通配符安装所有相关的软件：
yum install name*
通过以上的步骤基本能完成autodock4.2在CentOS 6.8 上面的安装，如果你使用的系统版本是其他6.x版本基本也能成功了。其它版本没有测试过。