1、运行安装包
为下载的文件加可执行权限，一般只要为当前用户添加可执行权限即可。需要注意的是下载的时候有32位和64位的区别，一定要下载适合自己系统的安装包，而且官网提供了多种安装包，所以选择合适你自己的安装包，我选择了chmod x mgltools_Linux-x86_64_1.5.7rc1_Install。Autodock Zn 原子的力场使用的时候需要MGLTools1.5.7及以后的版本。
chmod x chmod x mgltools_Linux-x86_64_1.5.7rc1_Install
开始自解压文件，得到我们需要的安装包
./mgltools_Linux-x86_64_1.5.7rc1_Install
This will install mgltools on your computer. Continue? [n/Y] y
Where do you want to install mgltools? [/home/shims/MGLTools-1.5.7rc1] /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1
Installing mgltools...
Installing Program Files...
Installation complete.
选择解压的位置，或者使用默认值/home/yourname/MGLTools-1.5.7rc1，而我这里设置为/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1，这里主要是个人习惯，本人习惯是将所有需要安装在自己用户目录下面的软件都安装在~/install文件夹下。
2、解压安装包
通过上一步得到的并不是已经安装好了的而是一个安装包的文件夹，我们需要将上一步得到的文件夹下面的文件mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz进行解压，这里软件包是压缩与打包同时存在所以使用tar –zxvf 来解压解包。
cd /home/shims/install/ cd MGLTools-1.5.7rc1/
ls
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1.tar.gz uninstall
tar -zxvf mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1.tar.gz
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Tools/
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Tools/mglenv.csh
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Tools/initPython.csh
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Tools/scriptTemplate
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Tools/install.py
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Tools/initPython.bash
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Tools/archosv
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/install.sh
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/README
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/ThirdPartyPacks.tar.gz
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Python2.7_x86_64Linux2.tar.gz
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/MGLToolsPckgs.tar.gz
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/LICENSES
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/Data.tar.gz
3、运行安装
该软件不需要自己编译安装，只要运行解压之后的文件install.sh脚本就可以自动完成安装过程了，如果安装过程中出现了问题，就需要及时更正，缺少了库文件的话可以直接使用yum install softname 来安装对应的库文件相关的软件。这里没有缺少相应的库文件，所以直接安装即可。
cd mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1
ls
Data.tar.gz install.sh LICENSES MGLToolsPckgs.tar.gz Python2.7_x86_64Linux2.tar.gz README ThirdPartyPacks.tar.gz Tools
./install.sh
MGLTools installation complete.
To run pmv, adt, vision or pythonsh scripts located at:
/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin
you will need to do ONE of the following:
-- add the /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin to the path environment variable in .cshrc or .bashrc:
.cshrc:
set path = (/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin $path)
.bashrc
export PATH=/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin:$PATH
-- create aliases in your .cshrc or .bashrc
.cshrc:
alias pmv /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/pmv
alias adt /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/adt
alias vision /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/vision
alias pythonsh /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/pythonsh
.bashrc
alias pmv='/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/pmv'
alias adt='/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/adt'
alias vision='/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/vision'
alias pythonsh='/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/pythonsh'
-- source ./initMGLtools.sh (bash) or ./initMGLtools.csh (c-shell)
Please have a look at README file for more information about
licenses, tutorials, documentations and mailing lists for the different
packages enclosed in this distribution
If you have any problems please visit our FAQ page (http://mgltools.scripps.edu/documentation/faq).
安装完成之后会提示设置环境变量，选择合适你自己的系统的环境变量设置。
4、环境变量设置
在linux下面安装软件之后基本上都需要自己设置环境变量，将需要使用到的可执行文件夹加入到PATH中，将库文件加入到LD_LIBRARY_PATH 中，而头文件需要加入到 INCLUDE_PATH 中，帮助文件也称为MAN文件有的话也可以加入到MANPATH 中。这里需要将可执行文件夹路径加入到PATH中，同时需要调用设置好了的启动初始化脚本程序initMGLtools.sh 。当然这里和很多软件不同之处是需要设置别名，及使用一个名称调用的是对应的可执行文件。如这里的pmv调用的就是/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/pmv可执行文件。注意这里使用了单引号，单引号中间是无法设置变量调用的，所以一定要使用绝对路径。
Vi ~/.bashrc
#/MGLTools-1.5.7rc1
export PATH=/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin:$PATH
#alias pmv='/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/pmv'
#alias adt='/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/adt'
#alias vision='/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/vision'
#alias pythonsh='/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/bin/pythonsh'
source /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/initMGLtools.sh
更改环境变量之后需要更新环境变量，这样才能让设置生效。其也可以直接使用source ./initMGLtools.sh来自动调用alias相关的设置，该文件的内容就是上述的alias设置的四行。两种方式只用选择其一即可。
source ~/.bashrc
至此MGLTools软件在CentOS 6.8 上面的安装就完成了。直接输入adt就可以启动程序了，一定要注意的是要使用图形界面启动，通过SSH等没有图形界面的远程登陆窗口是无法启动的，会如下提示：
adt
setting PYTHONHOME environment
Run ADT from /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/MGLToolsPckgs/AutoDockTools
Traceback (most recent call last):
File "/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/__init__.py", line 417, in runADT
root = Tk()
File "/home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/lib/python2.7/lib-tk/Tkinter.py", line 1685, in __init__
self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable
hit enter to continue
所以条件允许的话就直接在机子上运行即可。以下就是正常运行之后在命令窗口的提示：
adt
setting PYTHONHOME environment
Run ADT from /home/shims/install/MGLTools-1.5.7rc1/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7rc1/MGLToolsPckgs/AutoDockTools
MSMSLIB 1.4.4 started on 180
Copyright M.F. Sanner (March 2000)
Compilation flags
到了这里关于MGLTools-1.5.7rc1安装的所有事项就已经完成。