本人使用 Matlab R2014a 的Linux版本，通过 startup.m 文件完成 search path的添加和默认工作目录的修改。
首先，我简单介绍一下 Matlab 下search path的意思。我们知道，无论是 Windows/Linux，都必须设置 Path 环境变量，才能使用 Path中说明的目录下的程序，同理，对于Matlab，如果我们要使用 /home/test/test.m ，就必须将 /home/test 目录加入 Path，然后在主窗口输入 test.m， Matlab 才能找到 /home/test/test.m 并执行它。
startup.m 是 Matlab 每次启动的时候执行的文件，我们可以在其中自定义一些东西，包括添加 Path，设置默认工作目录等。该文件位于 matlab 的安装目录下的toolbox文件夹下的local子文件夹，如果不存在，则创建之。
具体步骤如下：
（1）创建 startup.m
>> sudo gedit /usr/local/MATLAB/R2014a/toolbox/local/startup.m
（2）编辑 startup.m
添加 search path: addpath(genpath('/home/Programs/Matlab2014a/toolbox'))
其中，genpath的意思是包含指定文件夹的所有子文件夹，可以参考网上的资料。
更改默认工作目录：cd /home/Documents/MATLAB
完成之后，重启 matlab，可以发现自动进入 /home/Documents/MATLAB！输入path，可以看到/home/Programs/Matlab2014a/toolbox的所有子文件夹都已经添加到 path 中。