首先查看系统设置->外观->主题。
不同的主题需要更改的文件不同。
sudo vim /usr/share/themes/主题(就是刚才主题的名字，ubuntu14.04默认是Ambiance)/gtk-3.0/gtk-main.css
将 tooltip_bg_color #000000; 改为 tooltip_bg_color #f2edbc; tooltip_fg_color #ffffff; 改为 tooltip_fg_color #000000;
重启eclipse，应该提示框颜色就可以看了。
当然你可以使用其他的背景色，可以到这来挑一种颜色：http://www.sioe.cn/yingyong/yanse-rgb-16/?rgb2=%23f2ed00