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ubuntu 16.04安装Molcas(含DMRG模块)

发布时间:2016-08-06 11:27:22来源:linux网站作者:J-Sagat
重新安装的ubuntu 16.04, 安装Molcas(包含其中的DMRG【QCmauqis】模块时)
额外需要的软件包/库如下:
 
1)库
apt-get install gfortran
apt-get install cmake
apt-get install python-dev
apt-get install python-numpy
apt-get install python-scipy
apt-get install python-matplotlib
apt-get install libhdf5-*
 
2)GSL
需要下载编译,不过倒是很简单 按步骤一步一步来即可
http://www.gnu.org/software/gsl/
依赖的库全都配置好后,就可以编译了
编译之前,可以使用 ccmake ../ 再来调整一下配置
编译的时候,个人使用以下的参数
export MKLROOT=/opt/intel/mkl/
CC=gcc FC=gfortran cmake -DLINALG=MKL -DOPENMP=ON -DDMRG=ON ../
编译的过程中ALPS的程序库,QCmaquis都是自动下载的。 所以编译过程中可能会稍微卡住一下,因为后台在下载两者的代码。
如果需要单独的DMRG程序的时候,需要与QCmaquis的开发组联系,很简单 发个邮件就可以的
http://www.reiher.ethz.ch/software/maquis.html
链接速度在国内也是还是很快的 (我是在NJU用的,跟在ETH的时候没有太大差别)
 
.bashrc配置可以参考以下:
#Molcas and QCMaquis
source /home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/bin/qcmaquis.sh
export PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/bin:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/lib:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/lib/python/pyeval:/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/qcmaquis/lib/python:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/alps/lib:$LD_LIBRARY_PATH
#Molcas
export PATH=/home/yingjin/Chem_soft/Molcas_local_nongfu/V1/sbin:$PATH
 
(记录一下 省着忘了还得看文档...)
安装完之后,如果采用cmake的话,可能会有以下问题
1)可能提示找不到molcas执行脚本
直接cp sbin/molcas.driver  到 molcas 然后 chmod +x molcas 就可以了
2)可能提示找不到molcas安装路径
~/.Molcas/molcas 里面写上安装地址即可 其实molcas脚本里面看看就知道怎么回事了       
3)可能提示warning.plx丢失
我的话,重新新建了个,放到安装目录的data里面就可以的,具体的原因还得问问其他人
# this is auto generated file. Do not edit!
$_RC_GROUP_AND_=           240;
$_RC_GROUP_INTERNAL_=       64;
$_RC_GROUP_WARNING_=        80;
$_RC_GROUP_ERROR_=          96;
$_RC_GROUP_USER_ERROR_=    112;
$_RC_GROUP_CRITICAL_=      128;
$_RC_ALL_IS_WELL_=           0;
$_RC_JOB_KILLED_=            1;
$_RC_CONTINUE_LOOP_=        64;
$_RC_INVOKED_OTHER_MODULE_= 65;
$_RC_CONTINUE_UNIX_LOOP_=   66;
$_RC_CHO_DUM_=              67;
$_RC_EXIT_=                 68;
$_RC_EXIT_EXPECTED_=        69;
$_RC_DO_TASKS_=             70;
$_RC_GENERAL_WARNING_=      80;
$_RC_NOT_CONVERGED_=        96;
$_RC_TIMEOUT_=             100;
$_RC_INPUT_ERROR_=         112;
$_RC_INPUT_EMIL_ERROR_=    113;
$_RC_LICENSE_=             114;
$_RC_CHO_INP_=             115;
$_RC_CHECK_ERROR_=         116;
$_RC_INSTALL_ERROR_=       117;
$_RC_INTERNAL_ERROR_=      128;
$_RC_EXTERNAL_TERMINATION_=129;
$_RC_GENERAL_ERROR_=       130;
$_RC_FLOATING_EXCEPTION_=  134;
$_RC_EXTERNAL_TERM_=       137;
$_RC_MEMORY_ERROR_=        139;
$_RC_IO_ERROR_WRITE_=      161;
$_RC_IO_ERROR_READ_=       162;
$_RC_CHO_MEM_=             163;
$_RC_CHO_INI_=             164;
$_RC_CHO_LOG_=             165;
$_RC_CHO_RUN_=             166;
 
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