第一次在Linux上成功安装一个软件，写个笔记，记下今天的领悟。
总结几点感受：
1、在Linux下要安装软件的话，每次下载的软件，作为一个新手，在安装前，都是要先读一遍解压缩后文件中的read me 文件，这样才知道这个软件是要安装怎么样的一种方式安装，有些需要进入到该网站的安装说明书中进行了解安装方式，
2、网上的教程，今天找了几个，都不适用，也就是说，同一个软件，针对不同的版本，也会有不同的安装方式，所以这个不能一概而论，需要注意！
3、本文中包含三个方面的内容：fftw的安装，gromacs的安装，这个两个软件的并行安装。
记下今天的安装过程，如下：
本例中是将gromacs-5.1.2.tar.gz文件放在目录/home/chu/下载
1.下载并安装fftw:
（1）下载网址：www.fftw.org
（2）解压：tar xzvf fftw-xxx.tar.gz
（3）安装
a.安装单精度fftw
cd ~/fftw.xxx (转到解压出来的fftw所在目录）
./configure --enable-threads --enable-float（第一次没加configure后面的设置参数，安装出错了，所以不能少）
make （-j 2） （-j后面的2表示用2核执行make，当然如果你是4核机子，你也可以-j 4)括号内的内容可以不需要
sudo make install
（单精度的fftw安装就可以了，二者选一）
（ b. 安装双精度fftw
make distclean
./configure --enable-threads
make -j 2 （-j后面的2表示用2核执行make，当然如果你是4核机子，你也可以-j 4)
sudo make install）这个没试过，先存起来
这一步的内容，在折腾好久后，先安装了，不知道不安装对后面的gromacs的安装有没有影响
2.安装Gromacs
(1) 下载网址：www.gromacs.org
第一步：打开命令终端terminal
第二步：改变工作路径
输入命令：cd 下载
第三步：解压tar.gz文件
由于tar.gz文件是压缩文件，因此我们需要执行下面的命令进行解压缩：
$ tar -zxvf aliedit.tar.gz（详细步骤）
(2) 解压：tar xzvf gromacs-xxx.tar.gz
tar xfz gromacs-5.1.2.tar.gz
cd gromacs-5.1.2
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
（官网上的安装过程详解）这个版本的这个软件需要cmake的方式安装
一般的安装方式：(3) 安装单机版gromacs
cd ~/gromacs.xxx
./configure（需要在解压缩后的文件中有这个文件才可以用这个方式，例如在fftw的文件安装中就是可以的）（configure本身是一个shell脚本，可以接受参数，按照你的意愿选择安装程序的那些功能，执行完configure脚本后，会按照你的选择生成Makefile文件，你执行的make命令就是按照Makefile文件里面的规则编译你选择的模块，跳过你去除的功能，最常见的就是
--prefix= 这个configure参数指定安装目录啦。）
make -j 2
sudo make install
(4) 设置环境变量
将 “source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC”添加到.bashrc文件的末尾位置。
source .bashrc
至此，单机版的Gromacs安装完成，键入“g_luck"命令检验是否安装成功。
安装完毕，应清除编译过程中产生的临时文件和配置过程中产生的文件。键入如下命令：
#make clean
#make distclean
至此，gromacs-5.1.2就能成功安装了，同时对于一般的程序也可以安装上文中的一般安装过程安装了。
下面将安装并行版的Gromacs.
(1)准备工作：
a.安装gcc: sudo apt-get install gcc (这一步可以省略，一般ubuntu是包含gcc的，如果你的机子没有，请按此安装）
b.安装g++: sudo apt-get install g++
c. 安装gfortran: sudo apt-get install fort77。
(以上三个软件是为了安装下面的lam-mpi)
d. 安装lam-mpi:
下载：wget http://www.lam-mpi.org/download/files/lam-7.1.4.tar.bz2
解压：tar xvjf lam-7.1.4.tar.bz2
安装： cd lam-7.1.4
./configure
make
make install
至此，安装并行版Gromacs的准备工作已完成。返回gromacs的解压目录： cd ../gromacs-xxx
(2) 安装并行版Gromacs
make clean
./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi
make mdrun （因为只有mdrun需要并行，所以，之需要make mdrun)
sudo make install-mdrun.
至此，默认路径下安装单机和并行Gromacs的工作已完成。如果不知在默认路径下安装，则需要另外设置环境变量，具体请参考：http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions 和 http://md.chem.rug.nl/~mdcourse/nerd.html。
要想运行并行mdrun,需按如下命令执行：
$usr/local/lam714/lamboot
$usr/local/lam714/bin/mpirun -np 4 mdrun_mpi -s topol.tpr -c -g -e -x -o -cpi -append -cpo
$usr/local/lam714/lamhalt
（没试过，先存着，以后参考用）