boot-repair可能只会让情况更加糟糕，请尽量不要使用。
我的情况是，当年我用安装ubuntu并不是UEFI，然后直接导致我现在的windows启动有点问题，只要用legacy和uefi混合的模式就无法启动，然后我用boot-repair去修复，修复还是没有用而且导致我的UEFI多了好几项ubuntu的启动。总之就是我拔掉ubuntu的硬盘之后还是存在，看着心烦。
正确的解决办法是：
bcdedit 删除
千万不要手贱用diskpart之类的命令直接删除文件夹，大写的没有用！
具体操作步骤：
1.win+R 调出cmd
2.bcdedit /export newbcd
3.bcdedit /enum firmware
4.找到Ubuntu的对应identifier，复制（控制台下复制用右键标记-回车）
5.bcdedit /store newbcd /delete {xxx} （{}里面就是上一步的identifier）
6.bcdedit /import newbcd /clean
或者简单一点（不确保万无一失）
1.win+R cmd
2.bcdedit /enum firmware
3.找到Ubuntu的对应identifier，复制（控制台下复制用右键标记-回车）
4.bcdedit /delete {xxx}
然后就可以了，重启就不会看到了ubuntu的uefi启动项啦。
如果万一不慎，用diskpart删除了（例如这个博客http://linuxbsdos.com/2015/09/05/how-to-delete-grub-files-from-a-boot-efi-partition-in-windows-10/）
你大概只能祈祷你以前有bcdEdit的备份，不然删掉之后，还是会存在，并且不能用第一个方法了。