首先确保你已经做好了weka最基本的配置，详见http://www.linuxdiyf.com/linux/15535.html
1.下载并安装mysql数据库:
sudo apt-get mysql-server
通过以上命令安装后的mysql可以直接用～，可通过在命令行键入 "mysql -u root -p" 测试。
2.下载JDBC驱动 mysql-connector-java-5.1.37.tar.gz
下载地址为：http://dev.mysql.com/downloads/connector/j/
3.配置
1）在weka的安装目录下新建lib文件夹，如/usr/weka/weka-3-7-13/lib/ ;
2）将mysql-connector-java-5.1.37.tar.gz 解压至 /usr/weka/weka-3-7-13/lib/ ;
3）如果JDK和weka的安装配置同地址 http://blog.csdn.net/tsinghuahui/article/details/49661795 的话，
命令行 gedit /etc/profile，设置CLASSPATH环境变量指向该驱动：
#set java environment
JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_66
export JRE_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_66/jre
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JRE_HOME/lib:/usr/weka/weka-3-7-13/lib/mysql-connector-java-5.1.37-bin.jar:$CLASSPATH
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin:$PATH
#set weka environment
WEKAROOT=/usr/weka/weka-3-7-13
export WEKAROOT
CLASSPATH=.:$WEKAROOT/weka.jar
export CLASSPATH
4）由于weka基于java实现，而java通过JDBC连接数据库，所以将 mysql-connector-java-5.1.37 文件夹中的
mysql-connector-java-5.1.37-bin.jar复制至JDK相应目录下：
sudo cp mysql-connector-java-5.1.37-bin.jar /usr/java/jdk1.8.0_66/jre/lib/ext/
5）运行数据库，建立名称为weka的数据库。
6）用归档器打开weka.jar/weka/experiment/，找到DatabaseUils.props，修改成如下所示：
......
# The comma-separated list of jdbc drivers to use
#jdbcDriver=RmiJdbc.RJDriver,jdbc.idbDriver
#jdbcDriver=jdbc.idbDriver #jdbcDriver=RmiJdbc.RJDriver,jdbc.idbDriver,org.gjt.mm.mysql.Driver,com.mckoi.JDBCDriver,org.hsqldb.jdbcDriver
#jdbcDriver=org.gjt.mm.mysql.Driver
jdbcDriver=com.mysql.jdbc.Driver
# The url to the experiment database
#jdbcURL=jdbc:rmi://expserver/jdbc:idb=experiments.prp
#jdbcURL=jdbc:idb=experiments.prp
#jdbcURL=jdbc:mysql://mysqlserver/username
jdbcURL=jdbc:mysql://localhost:3306/weka
# the method that is used to retrieve values from the db
......
保存，更新即可。如果在该目录下修改不成功，可以将该文件内容复制至以下两个目录：
i) /home/your_name/wekafiles/props
ii) /usr/weka/weka-3-7-13/
至此，weka访问mysql数据库的设置就完成了。
如何在Linux/Windows下方便使用Weka小记：http://www.linuxdiyf.com/linux/7664.html