环境：linux，我用的是ubuntu 15.04。
步骤：
1.源码下载，两种方式：
1）到 http://sourceforge.net/projects/rsf/files/madagascar/ 下载最新版本的 madagascar 压缩包：madagascar-*.*.tar.gz，然后用tar -xzvf 的方式解压。
2）直接用命令下载：
svn co https://rsf.svn.sourceforge.net/svnroot/rsf/trunk /usr/rsf
其中 /usr/rsf 是你存放Madagascar原代码的路径（目录）。
这两种方式各有优点，第一种方式下载速度较快些，第二种方式的优点一是代码都比较新，二是以后更新会更方便一些（直接在路径内输入 svn update 即可）
2.安装依赖
参考 http://www.ahay.org/wiki/Advanced_Installation#Ubuntu
ubuntu15.04下可输入：
sudo apt-get install libxaw7-dev freeglut3-dev libnetpbm10-dev libgd-dev libplplot-dev \
libavcodec-dev libcairo2-dev libjpeg-dev swig python-dev python-numpy g++ gfortran \
libopenmpi-dev libfftw3-dev libsuitesparse-dev python-epydoc
其他版本基本都可从网页中找到解决办法。
3.安装前配置
转到保存代码的头目录下（如 /usr/rsf/madagascar-*.*）
./configure --prefix=/完整的安装路径
建立c++,fortran90等链接（前提是这些选项已在系统中存在）:
./configure API=c++,f90 --prefix=/完整安装路径
4.编译安装：
运行以下代码：
sudo make install
5.设置环境变量
打开 ～/.bashrc 文件： sudo vim ~/.bashrc
将
source /usr/rsf/madagascar-*.*/env.sh
添加到文件末尾，/usr/rsf/为之前存放源码的路径。
在终端中输入
source .bashrc
madagascar就安装完成了。
6.测试
输入 sfin sfattr sfspike 等命令进行测试，能正常打开就表示安装完成。
Ubuntu 10.10下Madagascar安装记录：http://www.linuxdiyf.com/linux/8819.html