默认配置下，Linux Gnome 桌面环境下会有三个顶级下拉菜单作为应用程序和系统工具的快捷入口（后缀为 desktop 的文件，该类型的文件有固定的格式，具体格式可以参考下面列出的目录中的文件和参考中给出的链接指向的文章），这三个菜单分别是：应用程序，位置，系统。“应用程序”菜单下是按类别分组的应用程序的快捷入口，“位置“菜单下是用户目录和其他已挂载或者可挂载的分区，“系统"目菜单下则是用户配置工具和系统配置工具的快捷入口。
通常情况下，用户安装的应用程序，一般都会在这三个顶级菜单下的某个分类里创建对应的应用程序快捷入口，但凡事总有个例外，更何况各个linux发行版本身也可能会对 gnome 做一些调整，desktop 文件以及字符编码格式，甚至 desktop 文件中指定的应用程序图标不存在等诸多原因，导致安装的程序创建的菜单无法正常显示也就不算奇怪了。
以 Ubuntu 10.04 LTS amd64 位版本为例，保存应用程序快捷入口的位置，大致有下面两个：
;保存用户的应用程序快捷入口
~/.local/share/applications
;保存全局的应用程序快捷入口
/usr/share/applications
以 root 权限安装的程序，其快捷入口大多创建在 /usr/share/applications 目录下，也可以创建在 ~/.local/share/applications 目录，而以用户权限安装的程序，则只能将快捷入口创建在 ~/.local/share/applications 目录下。
使用 系统-首选项-主菜单 工具（程序名为 alacarte）创建的应用程序的快捷入口，创建在 ~/.local/share/applications 目录下，并默认以 alacarte-made[-X].desktop 的格式命名，其中 X 是数字，用户可以随后重命名这个文件，菜单上显示的内容不会改变。而在 主菜单 工具中删除的快捷入口，也不会真的删除对应的 desktop 文件，而只是将对应文件中的 Hide 字段的值改为 true。
知道了这些，如果再有某个快捷入口显示不正常，也就大致能知道在哪里找到对应的文件，再比对其他正常的文件，就能修改错误，让菜单显示正常了。
除了上面存储应用程序快捷入口的两个目录，还有几个文件用于存储指定类型文件的默认的打开程序，即文件关联程序，这几个文件分别是 /etc/gnome/defaults.list, /usr/share/applications/defaults.list, /usr/share/applications/mimeinfo.cache, ~/.local/share/applications/mimeapps.list, ~/.local/share/applications/mimeinfo.cache。前面三个文件保存全局设置，后面两个保存用户设置。如果要修改某个类型文件的关联程序，可以通过直接修改这几个文件的方式实现。