PDF文件一旦生成，再编辑就比较困难了。但仍一些软件在一定程度上实现了这一功能。最常见的对PDF爱论文的修改就是为其添加批注，在Linux中，Xournal和Okular都可以实现这一功能，但注意前者可以将修改后的结果存成一个新的PDF，而后者只能将修改与PDF文件分开存放。
Xournal是一款类似于Windows中Windows Journal、Jarnal的笔记记录软件，它是免费的，且可应用于Linux环境中。
Xournal还可用于为PDF添加批注（Annotation），将修改的结果再保存为PDF文档，如果使用方便手写的平板电脑，这一功能相当有用。
由于不依赖于Java，Xournal可以方便地在Tablet PC和无Java环境的设备（如Nokia N800）上使用。
安装：软件中心就有此软件，或者直接输入以下命令。
sudo apt-get install xournal
以上图片传到红联Linux系统教程频道中。
PDF Editor（包名：pdfedit）是真正的PDF编辑软件，提供了直接编辑PDF文件的功能，它也是免费的开源软件。（软件如上图。）
PDF Editor可以在现有PDF文件上添加图形、标注删除线等，也可以修改PDF中的文字，但限制较多，对中文的支持也相当有限。这一软件很多功能都是激动人心的，但稳定性有限。要达到真正实用的程度，也许还有很长的路要走。